Sur terre, depuis la nuit des temps, naissent des êtres exceptionnels, Certains sont appelés dieux, d’autres sorciers ou encore anges et étaient vénérés par les simples humains. Malheureusement, avec le temps, ceux-ci commencèrent à les craindre et se mirent à les chasser. Ainsi, l’humanité connut la grande chasse aux sorcières, aux démons et autres créatures fantastiques, les temples furent détruits tout comme objets divins.Cette hécatombe poussa les dieux et esprits à fuir dans l’ombre, ne pouvant observer que le malheur qui s'abattait sur eux. Un jour, cinq êtres exceptionnels décidèrent de créer un monde parallèle, plus petit que la terre, mais assez grand pour accueillir leurs semblables, afin de vivre en paix loin de la haine des hommes. Aujourd’hui encore, des personnes naissent avec des pouvoirs et continuent d’être chassés par l’être humain. Certains se retrouvent envahis d’une colère si noire qu’elles deviennent des âmes errantes, assoiffées de haine et de vengeance, n’hésitant pas à s’en prendre aux humains pour le mal subi depuis tant d’années. Sous cette menace grandissante, les êtres exceptionnels prirent une décision, transformer leur havre de paix en une école pour maîtriser leur pouvoir et combattre le mal dans l’ombre. Ainsi naquit la Monster Academy.